После окончания университета Кысылбаикова М.И. осталась работать на кафедре английской филологии в качестве заведующей кабинетом английского языка, через год была переведена на должность ассистента, затем на должность старшего преподавателя, нынче является заместителем заведующего кафедрой английской филологии.
Ведёт Практический курс английского языка на 3 и 4 курсах очного отделения кафедры английской филологии, ведет теоретические курсы по Общему языкознанию на 2 курсе института, ведет дисциплину «Основы информационно-аналитической работы» для студентов 1 курса обучения. Руководит дипломными и курсовыми работами. Все ее студенты отличаются оригинальностью, научной эрудированностью, трудоспособностью.
Кысылбаикова М.И. с 2006 г. работает председателем Научно-
исследовательской работы студентов Института зарубежной филологии и регионоведения (ИЗФиР) СВФУ. Под ее руководством ежегодно на высоком уровне проводится Неделя студенческой науки в ИЗФиР, руководит научным кружком студентов «Студент и наука», входит в координационный состав молодых ученых РС(Я).
Благодаря системной и последовательной работе Марины Ильиничны ИЗФиР четвертый год подряд занимает первое место по научно-исследовательской работе студентов среди учебных подразделений СВФУ.
Марина Ильинична успешно проводит работу в качестве куратора, уже осуществила 5 выпусков в 2006, 2009, 2012, 2014, 2016 годах. В 2018 году также намечается выпуск.
Многие подопечные Марины Ильиничны – члены научного кружка, занимаются научной деятельностью на высоком уровне, выигрывают научные гранты университетского, республиканского и международного уровней, проходят научные стажировки в университетах Кореи, Австрии, Германии, Испании, Швеции. Двое ее студентов стали обладателями стипендии Президента РФ, принимают активное участие в научно-практических конференциях различного уровня, имеют много научных публикаций.
Выпускники Марины Ильиничны поступают в магистратуру ИЗФиР СВФУ, а также в аспирантуру СПбГУ по специальности «Теория языка», «Лингвистика».
